Foi principalmente concebida para testar tecnologia no espaço e "espreitar" a Lua e o asteroide 1620 Geographos e embora não tenha conseguido terminar tudo aquilo a que se propôs, a sonda Clementine deixou a sua marca.

A missão incluía a obtenção de várias imagens em diversos comprimentos de ondas que incluíam a luz visível, o infravermelho e a ultravioleta, medição de altimetria a laser e a medição de partículas eletricamente carregadas. Estas observações tinham inicialmente a finalidade de avaliar a superfície, a mineralogia da Lua e do asteroide Geographos.

Como a primeira missão dos EUA à Lua em mais de duas décadas, o principal objetivo da Clementine envolvia o teste de novas tecnologias no ambiente hostil do espaço profundo. Adicionalmente, a sonda observaria a Lua por dois meses usando os múltiplos sensores integrados e depois deixaria a órbita lunar e viajaria para 1620 Geographos, um asteroide rochoso alongado de 2,5 quilómetros de comprimento.

A sonda seguiu viagem em direção ao seu destino a 25 de janeiro de 1994, lançada a partir da Base Aérea de Vandenberg, a bordo de um foguetão Titan II modelo G. Os oito dias seguintes foram passados na órbita baixa da Terra, a verificar seus sistemas. A 3 de fevereiro foi colocada numa trajetória de fase lunar que incluiu dois sobrevoos pela Terra para ganhar energia suficiente para chegar à Lua.

Durante o primeiro mês de mapeamento, o ponto baixo da órbita de Clementine estava sobre o hemisfério sul para permitir imagens de maior resolução e altimetria a laser sobre as regiões polares sul. Depois ajustou a órbita para colocar o ponto baixo sobre o hemisfério norte durante o segundo mês de mapeamento e obter imagens da região polar norte em maior resolução. Passou as últimas duas semanas em órbita a preencher quaisquer lacunas encontradas e a realizar estudos extras em busca de gelo na região polar norte.

Durante 71 dias e 297 órbitas lunares, Clementine fotografou a Lua, enviando 1,6 milhão de imagens digitais, muitas delas com resolução de cerca de 100 metros. Conseguiu mapear toda a superfície da Lua, incluindo as regiões polares, em comprimentos de onda que vão do ultravioleta próximo, passando pelo visível até o infravermelho distante. A altimetria a laser forneceu o primeiro mapa topográfico global da Lua. O rastreamento por rádio da sonda refinou o conhecimento existente do campo gravitacional da Lua.

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Além do fornecimento dos primeiros mapas multiespectrais e topográficos globais da Lua, dados de um instrumento de radar indicaram que grandes quantidades de água gelada podem estar em crateras permanentemente sombreadas no polo sul lunar, enquanto outras regiões polares podem permanecer sob luz solar quase permanente.

Terminado o tempo de observação da Lua, Clementine deixou a órbita lunar a 5 de maio, rumo a Geographos, ajudada por mais dois sobrevoos com assistência gravitacional da Terra. Infelizmente, dois dias depois, uma falha no computador fez com que um dos propulsores de controlo de atitude da nave falhasse por 11 minutos, gastando combustível precioso.

O problema teria reduzido significativamente o retorno de dados do sobrevoo do asteroide planeado para agosto e a equipa decidiu manter a espaçonave numa órbita geocêntrica elíptica. Uma falha na fonte de alimentação em junho tornou a telemetria da Clementine ininteligível. Em 20 de julho, a gravidade lunar impulsionou a nave para a órbita solar e a missão terminou oficialmente a 8 de agosto. Os controladores terrestres recuperaram brevemente o contacto entre 20 de fevereiro e 10 de maio de 1995, mas Clementine não transmitiu dados úteis.

Embora a missão não tenha “visitado” Geographos, deixou um legado importante, demonstrando que um voo concebido principalmente para demonstração de tecnologia pode realizar ciência significativa. A descoberta de ambientes únicos nos polos lunares, incluindo a probabilidade de grandes quantidades de água gelada em regiões permanentemente sombreadas, mudou as perspetivas para futuras missões científicas e exploração humana, escreve a NASA.

Missões científicas posteriores, como a Lunar Reconnaissance Orbiter da NASA, a nave espacial Chang'e da China e a nave espacial Chandrayaan da Índia, foram todas construídas com base no conhecimento que Clementine obteve pela primeira vez.

As atuais missões não tripuladas têm como alvo as regiões polares lunares para adicionar mais conhecimento às observações orbitais, nomeadamente o programa Artemis.